Fra midten av 2006 har kostpengene vært skattefrie opp til et visst maksimumsbeløp i måneden. Skatteetaten er derfor avhengig av at rederiene oppgir hvor mange måneder det samlede kostpengebeløpet for året skal fordeles på, det vil si hvor mange av årets måneder (inkl. opparbeidet fri) som den sjømannen har vært ansatt om bord. Dersom rederiet ikke har oppgitt dette har Skatteetaten tolket det som null måneder om bord, og trukket skatt av hele beløpet.
Dersom du som sjømann er har lønns- og arbeidsbetingelser dekket av en tariff med kostpenger, bør du sjekke i lønns- og trekkoppgaven fra din arbeidsgiver at det er oppført kostpenger med korrekt antall måneder, og sjekke på skatteoppgjøret at Skatteetaten har fått beskjed om dette og latt den delen av kostpengene som er under fribeløpet stå frie for beskatning.