Hernes Pettersen var ansatt som rådgiver/seniorrådgiver i Sjøfartsdirektoratet fra 1999 til 2005 hvor han primært jobbet med regelverksutvikling. Han representerte blant annet direktoratet i Skipssikkerhetslovutvalget og ledet også utredningen om obligatorisk båtførerbevis.
Han har siden jobbet i Nærings- og handelsdepartementet som seniorrådgiver og senere underdirektør fra 2005 til i dag. Her har han blant annet jobbet med utarbeidelsen av skipssikkerhetsloven av 2007 og skipsarbeidsloven av 2013 (han var også medlem av utvalget), og forskrifter, klagesaker knyttet til lovene. Han har også jobbet med gjennomføringen av Maritime Labour Convention (MLC) i norsk rett.
Videre har han jobbet med sjølovens regler om nasjonalitet og registrering og undersøkelse av sjøulykker. Han var også sekretær for granskningskommisjonen etter ulykken med Bourbon Dolphin. Hernes Pettersen har representert direktoratet og departementet i internasjonale fora som IMO og ILO, blant annet i arbeidet med bekjempelse av piratvirksomhet. Han representerte også departementet på Manila-konferansen i 2010 hvor STCW ble endret. Sammen med professor Hans Jacob Bull har han også skrevet en omfattende kommentarutgave til skipssikkerhetsloven.
Vi ønsker Terje Hernes Pettersen velkommen.